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문제가 분명히 있는 이 구문 안녕하세요? 요 최근까지 주어진 DNA시퀀스를 입력하면, 자동으로 파이썬을 통해서 Blast라는 데이터 베이스에서 데이터를 가지고 오는 프로그램을 만들고 있었습니다만, 여기서 사소한게 아니라 심각한 문제가 하나 나오는 것을 발견할 수 있었습니다. 바로 아래의 스크린샷에서 보이는 코드입니다.분명히 NCBIWWW.qblast를 통해서 blast에서 데이터를 가지고 오라고 요청을 한 것 까지는 좋았는데, 문제는 이 속도가 느려도 보통 느린 것이 아니라는 것 입니다. 이걸 파이썬, 특히 파이참에서 요청을 해서 결과를 보기까지 걸리는 시간이, 그 사이면 수동으로 같은 길이의 시료를 돌려서 5개 정도 결과를 얻을 시간이 되면 겨우 하나가 나오는, 즉 수작업을 해서 걸리는 시간의 5배나 걸린다는 겁니다. 왜 이러는 .. 2024. 5. 14.
잠시만의 컴퓨터작업과 자동화 과제 안녕하세요? 잠시 분자생물학 작업, 더 정확히는 분자생물학 실섬으로 나온 데이터를 해석하는 작업을 일하면서 배운다고 많이 바빴습니다. 아무튼 이런 상황에서 어떻게 그동안 포스팅이 뜸했는데, 앞으로도 그렇게 자주 포스팅은 못 할것 같습니다. 다만 그런다고 해서 완전히 그만은 아니고, 띄엄띄엄이지만 그래도 올리기는 올립니다. 아무튼 혼자서는 너무많은 작업을 3명이서 분담할 수 있으니까, 어떻게 나은 상황이 되기는 되었습니다. 아무튼 그 동안은 혼자서 어떻게 한다고 일의 양이 너무 많았고, 지금은 1/3으로 줄었느냐 하면, 많이 줄기는 했는데, 그 사이에는 해본적 없는 일을 한다고 시간을 좀 썼습니다. 이제는 생명과학 연구하면서 유용할 수도 있는 프로그램을 찾거나 만들기 위해서 어떻게 당분간의 포스팅을 이어갈.. 2024. 5. 8.
다시금 라운드 2 입니다. 안녕하세요?기밀유지 때문에 무슨 실험인지 정획하게는 이야기 못 합니다만, 일단 제가 중간에 오기 전부터 시작을 해서 거의 10년이 걸린 프로젝트에 먀무리를 내야 할 시점이 왔습니다. 그래서 인가요? 역대급으로 가장많은 보조가 붙었으며, 이제 거의 총력전을 하다시피 합니다.거의 복싱으로 치면 라운드 2가 아니라 10이 ㅅ작되어서 어떻게든 TKO라도 받기 위해서 몰아쳐야ㅗ 할 순간이기는 합니다.다만, 이러한 상황에도 불구하고 제 몸은 비가오는 날씨에 맞춰서 자꾸만 졸려 오려고 해너 큰일은 큰일이라는 생각이 듭니다.거의 6에서 7라운드에 오니까, 서서히 지치기 시작한 모양인가 봅니다. 2024. 4. 29.
오랫만의 여유 안녕하세요? 실험이 진행되다가 어찌된 셈인지 평소에 30몇개 나오던 후보가 갑자기 80개 가까이 나오게 되었더니 일이 가빚ㆍ기 많아져서 애를 먹는 중 입니다. 다만 이렇게 많이 나온 후보들 중에 제가 원하는 시료가 나올지 안 나올지는 순전히 확률의 문제라고 할 수 있습니다. 말 그대로 무슨 확률놀이 하는 도박같은 상황인데, 도박과는 다르게 생명과학 실험은 시간이 매우 많이 걸리고, 노동력도 상당히 많이 들어간다는 것 입니다. 지금 점심 시간의 오랫만에 생긴 여유시간 중에 이렇게 글을 남기고 있지만, 더 생산적인 활동은 더는 못할 정도 입니다. 2024. 4. 19.

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