LabSokoban프로젝트62 이제 겨우 Blast의 결과를 가져오는데 성공했습니다. 안녕하세요? 지난번 포스팅에서 너무 느린것이 문제라는 것을 언급했었는데, 이번에는 방식을 바꾸어서 blast의 웹페이지에서 결과를 가지고 오는 방식으로 바꾸도록 했습니다. 굳이 비교하자면 수냉식 엔진이 편리할 것 같아서 사용하고자 했는데, 무게가 너무 무거운 문제가 있어서 공냉식 엔진으로 바꾸었다고 해야 할까요? 이런 차이가 있습니다만, 아무튼 제 기준에는 여전히 느리지만, 그래도 이전에 비해서는 매우 빨라진 방식으로 blast 결과를 가지고 올 수 있게 되었습니다. 가장 먼저 가지고 와야 하는 것으로는 먼저 requests라는 모듈을 가지고 오는 것이고, 그 다음으로 결과를 읽어서 사람 눈으로 보기 편하게 만들기 위해서 io에서 StringIO라는 모듈을 가지고 오기로 했습니다. 사실 이렇게 코드를 .. 2024. 5. 16. 문제가 분명히 있는 이 구문 안녕하세요? 요 최근까지 주어진 DNA시퀀스를 입력하면, 자동으로 파이썬을 통해서 Blast라는 데이터 베이스에서 데이터를 가지고 오는 프로그램을 만들고 있었습니다만, 여기서 사소한게 아니라 심각한 문제가 하나 나오는 것을 발견할 수 있었습니다. 바로 아래의 스크린샷에서 보이는 코드입니다.분명히 NCBIWWW.qblast를 통해서 blast에서 데이터를 가지고 오라고 요청을 한 것 까지는 좋았는데, 문제는 이 속도가 느려도 보통 느린 것이 아니라는 것 입니다. 이걸 파이썬, 특히 파이참에서 요청을 해서 결과를 보기까지 걸리는 시간이, 그 사이면 수동으로 같은 길이의 시료를 돌려서 5개 정도 결과를 얻을 시간이 되면 겨우 하나가 나오는, 즉 수작업을 해서 걸리는 시간의 5배나 걸린다는 겁니다. 왜 이러는 .. 2024. 5. 14. 도커 공부의 시작 -12- 안녕하세요? 지난 포스팅에서는 어떻게 해서 태그라고 해야 할까요? 일단 이미지 파일을 만들어 놓은 다음에 여기다가 태그를 붙이는 작업까지 해 놓았습니다. 이제 이를 공유하는 것에 대해서 한번 이번 포스팅에서 다루어 보고자 합니다. 물론 저와 같이 1인 개발로 하는 사람에게는 그다지 큰 메리트가 없지만, 그래도 공동으로 개발을 하고 있다면, 상당히 유용할 수 있으리라 생각이 듭니다. 이제 이미지를 push라고 해서 도커 허브에 올리려고 했습니다만, 무언가가 문제가 있었는지 전혀 되지 않는 것을 확인할 수 있엇습니다. 그래서 이전에 만들어 놓았는 이미지를 한번 지우고자 docker rm 으로 일일히 이미지 이름을 지정하도록 하고, 그 다음으로 제대로 지워졌는지 일단 확인을 해 보았습니다. 어디서 문제가 생긴.. 2024. 2. 20. 도커 공부의 시작 -11- 안녕하세요? 그 동안 긴장을 하고 있다가 풀어지니, 이래저래 에너지가 부족해져서 애를 먹는 중인데, 그래도 이 와중에 책의 챕터 5 전반부를 어떻게 실습을 하였고, 그 내용을 포스팅 해 보고자 합니다. 일단 이번 챕터의 실습하는 내용은 도커의 내용을 공유하는 것에 촛점이 맞추어져 있습니다. 그래서 공유는 생각하지 않으면서 1인 개발을 하는 사람이라면 별 필요가 없을 수도 있지만, 앞으로 중요해 질 수도 있으니, 일단 짚고 넘어가 보도록 합니다. 가장 먼저 시작할 것으로는 도커 허브에 접속해서 계정을 만드는 일이라고 할 수 있습니다. 여기서는 마치 git hub와 같이 도커를 버젼별로 지정하면 따로 보관을 해 ㅜㅈㄴ느 서비스라고 합니다. 먼저 docker login이라고 쳐서 방금 만들어 놓은 계정의 사용.. 2024. 2. 20. 이전 1 2 3 4 ··· 16 다음
