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프로그래밍411

오랫만의 프로그래밍 작업 안녕하세요?어떻게 쓸모 없을 줄 알았지만, 생명과학에 코딩능력을 어디에 쓰는가 했더니, 단백질체학이라고 proteomics 데이터를 건드리는 일을 하기 위해서는 어느정도의 경험이 있어야 하는 일이였읍니다.아무튼 이제 직접적으로 질량분석기의 데이터에서 어떤 단백질이 얼마나 있는지 시료간의 상대적인 강도를 볼수는 있는데, 통계처리를 아직은 못 하다가, 오늘 오전에 ANOVA처리까지는 가능한 것을 해봤습니다. 이제 그래픽적으로 이걸 나타내 주는 처리만 하면 되는데, 이 분분도 역시나 R을 코딩하는 툴을 쓰거나, GUI로 되어 있는 툴을 쓰거나 선택입니다. 2025. 12. 22.
드디어 그림 AI의 설치 성공 안녕하세요? 일일히 원하는 이미지를 찾아보는 것만 해도 많이 힘들어서, 하는 수 없이 생성형 AI를 가지고서 한번 써보고자 생각을 하였습니다. 그런데 생각외로 이 stable diffusion의 설치가 쉽다고 해야 할까요? 아니면 까다롭다고 해야 할까요? 일단 구입했는 관련된 서적에서 추천하기로는 python 3.10.6으로 되어 있었는데, 이게 파이썬의 버젼까지 맞아야 큰 에러가 없이 설치할 수 있다는 것 입니다. 괜히 최신버젼의 파이썬을 설치했을 경우에는 이게 되려 에러를 부르는 요인이 된다는 것이 무언가 황당하다면 황당하고 할 수 있어 보입니다.아무튼 그냥 bing같은데서 쓸 수 있는 그림 인공지능도 성능이 좋다고 하면 좋다고 볼 수 있지만, 그래도 무언가 본격적으로 무언가를 하고 싶어서 사용하기 .. 2025. 1. 7.
이제 겨우 Blast의 결과를 가져오는데 성공했습니다. 안녕하세요? 지난번 포스팅에서 너무 느린것이 문제라는 것을 언급했었는데, 이번에는 방식을 바꾸어서 blast의 웹페이지에서 결과를 가지고 오는 방식으로 바꾸도록 했습니다. 굳이 비교하자면 수냉식 엔진이 편리할 것 같아서 사용하고자 했는데, 무게가 너무 무거운 문제가 있어서 공냉식 엔진으로 바꾸었다고 해야 할까요? 이런 차이가 있습니다만, 아무튼 제 기준에는 여전히 느리지만, 그래도 이전에 비해서는 매우 빨라진 방식으로 blast 결과를 가지고 올 수 있게 되었습니다.  가장 먼저 가지고 와야 하는 것으로는 먼저 requests라는 모듈을 가지고 오는 것이고, 그 다음으로 결과를 읽어서 사람 눈으로 보기 편하게 만들기 위해서 io에서 StringIO라는 모듈을 가지고 오기로 했습니다. 사실 이렇게 코드를 .. 2024. 5. 16.
문제가 분명히 있는 이 구문 안녕하세요? 요 최근까지 주어진 DNA시퀀스를 입력하면, 자동으로 파이썬을 통해서 Blast라는 데이터 베이스에서 데이터를 가지고 오는 프로그램을 만들고 있었습니다만, 여기서 사소한게 아니라 심각한 문제가 하나 나오는 것을 발견할 수 있었습니다. 바로 아래의 스크린샷에서 보이는 코드입니다.분명히 NCBIWWW.qblast를 통해서 blast에서 데이터를 가지고 오라고 요청을 한 것 까지는 좋았는데, 문제는 이 속도가 느려도 보통 느린 것이 아니라는 것 입니다. 이걸 파이썬, 특히 파이참에서 요청을 해서 결과를 보기까지 걸리는 시간이, 그 사이면 수동으로 같은 길이의 시료를 돌려서 5개 정도 결과를 얻을 시간이 되면 겨우 하나가 나오는, 즉 수작업을 해서 걸리는 시간의 5배나 걸린다는 겁니다. 왜 이러는 .. 2024. 5. 14.

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