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LIMS(Laboratory Information Management System)에 대해서 안녕하세요? 일단 예전부터 재고관리 프로그램을 만들려고 하다가, 이런것이 전혀 없을 것은 아니라고 생각해서 찾아보니, 우연하게 저 LIMS라는 것을 알게 되었습니다. 그리고 나서 다음으로 진행해 본 것은 LIMS가 실험실 시약 재고관리를 해주는 기능이 반드시 포함된 것이 아니기는 하지만, 어느정도 있다는 것을 알게 되었습니다. 그렇게 해서 오픈소스로 있는 것에 대해서 찾아보다가 다음과 같은 물건을 찾게 되었습니다. 일단 bika LIMS라는 것을 찾아내기는 했습니다만, 여기서 부터 몇 가지 문제가 생기기는 생깁니다. 우선 가장 큰 문제는 지금 당장 이걸 실험실에 적용하자고 하는 것은 자칫하면 이미 잘 돌아가고 있는 실험실에 쓸데없는 일만 하나 더 추가되는 셈이 되어서 문제가 심각하긴 심각합니다. 거기다가.. 2022. 12. 24.
DeepGoWeb을 통한 한가지 기능 예측시도 안녕하세요? 이번 포스팅은 오랫만에 생명과학이야기라고 할 수 있는데, 일단 여기서는 다른것도 아니고 유전자의 기능을 한번 알아보기 위해서 DeepGoWeb이라는 툴을 이용해서 알아보는 과정을 한번 다루어 보고자 합니다. 일단 이 탐색은 실패로 끝나기는 했지만, 그래도 포스팅할 가치는 있다고 생각을 해서 이번 포스팅을 준비하게 되었습니다. 일단 이렇게 준비를 했기 때문에, 어떻게 해서건 작업을 들어가 보고자 합니다. 먼저 원하는 DNA sequence를 입력해서 위 스크린샷과 같이 예측되는 결과를 얻도록 합니다. 여기서 정말 중요하다고 생각하는 것은 저 발생과정에서 이 유전자가 관여하는 지를 알아보는 것 입니다. 먼저 발달과정을 클릭해서 나오는 윈도우 입니다. 이런 윈도우에서 당장은 얻을 것이 없어 보이기.. 2022. 12. 23.
DeepGoWeb을 사용한 결론 안녕하세요? 이래뵈도 연구원을 하고 있다 보니, 이래저래 무언가를 다각도로 시도를 하기는 해 보았습니다. 그리고 어떻게 오늘은 시간이 되어서 여러번 검색을 하고 무언가를 찾아본 결과, DeepGoWeb이라는 도구를 사용해서 한가지 결론을 낼 수 있었습니다. 일단 이게 중간 과정을 어떻게 정리할 가치는 있다는 생각이 들어서 어떻게 해서든 정리하는 포스팅을 만들어 봐야 하지만, 지금은 이정도로 결론만 이야기를 해야 합니다. 일단 기본적으로 나와있는 기능을 이용해서 어떻게 작업을 하기는 했습니다만, 문제는 여러개 있었습니다. 우선 너무 기본적인 점수인 0.3에 가까운 결과를 가지고서 한번 찾아들어가니, 어떻게 너무 매치가 되지 않는 결과가 나오는 것을 확인할 수 있었습니다. 물론 이건 제가 이 도구를 아직도 .. 2022. 12. 22.
계속해서 읽기 힘든 DeepGOWeb 의 결과 안녕하세요? 계속해서 포스팅을 올리고 있는 내용은 아니기는 하지만, 일단 DeepGoWeb이라고 해서 유전자나 단백질의 기능을 알려주는 사이트가 있습니다. 그런데 여기서 하나 문제가 되는 것이 있는데, 바로 이 결과를 가지고서 어떻게 해석해야 하는지를 두고서 계속해서 난감하다는 것 입니다. 물론 여기서 포기를 할 정도로 제가 검색을 많이 해 보았느냐 하면, 그건 또 아니라고 할 수 있는 것이, 일단 뭐라고 해야 할까요? 너무 다른 일이 바빠서 이걸 가지고서 검색을 많이 해볼만한 시간이 있는 것이 아니기는 합니다만, 그래도 이래저래 힘이 많이 들기는 드는 상황입니다. 일단 지난주는 좀 피해가기 힘든 일이 있어서 육체적으로 피로했다고 해도, 이번주도 그렇게 까지 편하다고 하기는 어려운 편이기는 합니다. 2022. 12. 21.

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