본문 바로가기

전체 글3580

기다림의 연속인 분자생물학 실험 안녕하세요? 잠시간은 분자 생물학 실험이 많아서 잠시 프로그래밍은 스톱된 상태인데, 아무튼 간에 일단은 할당이라고 해야 할까요? 정해진 시간안에 처리해야 할 시료는 처리해야 합니다. 아무튼 그렇게 타이머를 돌려놓고 기다리는 시간에 일단 이렇게 블로그에 글을 쓰기는 씁니다만, 한동안 영양가 높은 글은 못 쓸듯 합니다. 일단 시간은 시간이고, 이걸 오늘 작업이 많다고 해서 내일까지 많으냐 하면, 오늘 얼마나 많이 처리했는가 여부에 따라 달라지는 면이 있기는 합니다. 아무튼 이래저래 일량이 조절되기는 하지만, 그렇다고 완전히 무리만은 할 수도 없는 그러한 상황이기도 합니다. 2024. 5. 21.
이제 겨우 Blast의 결과를 가져오는데 성공했습니다. 안녕하세요? 지난번 포스팅에서 너무 느린것이 문제라는 것을 언급했었는데, 이번에는 방식을 바꾸어서 blast의 웹페이지에서 결과를 가지고 오는 방식으로 바꾸도록 했습니다. 굳이 비교하자면 수냉식 엔진이 편리할 것 같아서 사용하고자 했는데, 무게가 너무 무거운 문제가 있어서 공냉식 엔진으로 바꾸었다고 해야 할까요? 이런 차이가 있습니다만, 아무튼 제 기준에는 여전히 느리지만, 그래도 이전에 비해서는 매우 빨라진 방식으로 blast 결과를 가지고 올 수 있게 되었습니다.  가장 먼저 가지고 와야 하는 것으로는 먼저 requests라는 모듈을 가지고 오는 것이고, 그 다음으로 결과를 읽어서 사람 눈으로 보기 편하게 만들기 위해서 io에서 StringIO라는 모듈을 가지고 오기로 했습니다. 사실 이렇게 코드를 .. 2024. 5. 16.
문제가 분명히 있는 이 구문 안녕하세요? 요 최근까지 주어진 DNA시퀀스를 입력하면, 자동으로 파이썬을 통해서 Blast라는 데이터 베이스에서 데이터를 가지고 오는 프로그램을 만들고 있었습니다만, 여기서 사소한게 아니라 심각한 문제가 하나 나오는 것을 발견할 수 있었습니다. 바로 아래의 스크린샷에서 보이는 코드입니다.분명히 NCBIWWW.qblast를 통해서 blast에서 데이터를 가지고 오라고 요청을 한 것 까지는 좋았는데, 문제는 이 속도가 느려도 보통 느린 것이 아니라는 것 입니다. 이걸 파이썬, 특히 파이참에서 요청을 해서 결과를 보기까지 걸리는 시간이, 그 사이면 수동으로 같은 길이의 시료를 돌려서 5개 정도 결과를 얻을 시간이 되면 겨우 하나가 나오는, 즉 수작업을 해서 걸리는 시간의 5배나 걸린다는 겁니다. 왜 이러는 .. 2024. 5. 14.
잠시만의 컴퓨터작업과 자동화 과제 안녕하세요? 잠시 분자생물학 작업, 더 정확히는 분자생물학 실섬으로 나온 데이터를 해석하는 작업을 일하면서 배운다고 많이 바빴습니다. 아무튼 이런 상황에서 어떻게 그동안 포스팅이 뜸했는데, 앞으로도 그렇게 자주 포스팅은 못 할것 같습니다. 다만 그런다고 해서 완전히 그만은 아니고, 띄엄띄엄이지만 그래도 올리기는 올립니다. 아무튼 혼자서는 너무많은 작업을 3명이서 분담할 수 있으니까, 어떻게 나은 상황이 되기는 되었습니다. 아무튼 그 동안은 혼자서 어떻게 한다고 일의 양이 너무 많았고, 지금은 1/3으로 줄었느냐 하면, 많이 줄기는 했는데, 그 사이에는 해본적 없는 일을 한다고 시간을 좀 썼습니다. 이제는 생명과학 연구하면서 유용할 수도 있는 프로그램을 찾거나 만들기 위해서 어떻게 당분간의 포스팅을 이어갈.. 2024. 5. 8.

티스토리툴바