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오픈소스 전자 노트를 위한 첫 걸음 안녕하세요? 실험실에서 실험할 때 생각해 보니 가장 먼저 필요한 것이 있다고 하면, 그건 바로 전자 실험 노트라고 할 수 있습니다. 일단 이게 국내에는 구노라고 있지만, 이건 어디까지나 유료이고 언제까지 사용할 수도 없기 때문에 어떻게 오픈소스로 나와 있는 프로그램이 없는지 알아 보았습니다. 그리고 검색을 시작해 보니, 크게 힘들이지 않고서도 어떻게 오픈소스로 있는 전자 실험 노트를 찾을 수 있었습니다. 다만 이런 오픈소스인 제품이 한두개가 아닌게 문제가 아니라, 바로 이걸 사용하기 위해서는 서버를 구축해야 한다는 것이 난관이기는 난관입니다. 그렇다고 해서 시작하기도 전 부터 포기할 것은 아니기는 한 것이, 일단 먼저 해야 하는 것이 이걸 어떻게 구축할 것이며, 가장 간편하게 물리적인 공간을 차지하지 않.. 2022. 12. 25.
LIMS(Laboratory Information Management System)에 대해서 안녕하세요? 일단 예전부터 재고관리 프로그램을 만들려고 하다가, 이런것이 전혀 없을 것은 아니라고 생각해서 찾아보니, 우연하게 저 LIMS라는 것을 알게 되었습니다. 그리고 나서 다음으로 진행해 본 것은 LIMS가 실험실 시약 재고관리를 해주는 기능이 반드시 포함된 것이 아니기는 하지만, 어느정도 있다는 것을 알게 되었습니다. 그렇게 해서 오픈소스로 있는 것에 대해서 찾아보다가 다음과 같은 물건을 찾게 되었습니다. 일단 bika LIMS라는 것을 찾아내기는 했습니다만, 여기서 부터 몇 가지 문제가 생기기는 생깁니다. 우선 가장 큰 문제는 지금 당장 이걸 실험실에 적용하자고 하는 것은 자칫하면 이미 잘 돌아가고 있는 실험실에 쓸데없는 일만 하나 더 추가되는 셈이 되어서 문제가 심각하긴 심각합니다. 거기다가.. 2022. 12. 24.
DeepGoWeb을 통한 한가지 기능 예측시도 안녕하세요? 이번 포스팅은 오랫만에 생명과학이야기라고 할 수 있는데, 일단 여기서는 다른것도 아니고 유전자의 기능을 한번 알아보기 위해서 DeepGoWeb이라는 툴을 이용해서 알아보는 과정을 한번 다루어 보고자 합니다. 일단 이 탐색은 실패로 끝나기는 했지만, 그래도 포스팅할 가치는 있다고 생각을 해서 이번 포스팅을 준비하게 되었습니다. 일단 이렇게 준비를 했기 때문에, 어떻게 해서건 작업을 들어가 보고자 합니다. 먼저 원하는 DNA sequence를 입력해서 위 스크린샷과 같이 예측되는 결과를 얻도록 합니다. 여기서 정말 중요하다고 생각하는 것은 저 발생과정에서 이 유전자가 관여하는 지를 알아보는 것 입니다. 먼저 발달과정을 클릭해서 나오는 윈도우 입니다. 이런 윈도우에서 당장은 얻을 것이 없어 보이기.. 2022. 12. 23.
DeepGoWeb을 사용한 결론 안녕하세요? 이래뵈도 연구원을 하고 있다 보니, 이래저래 무언가를 다각도로 시도를 하기는 해 보았습니다. 그리고 어떻게 오늘은 시간이 되어서 여러번 검색을 하고 무언가를 찾아본 결과, DeepGoWeb이라는 도구를 사용해서 한가지 결론을 낼 수 있었습니다. 일단 이게 중간 과정을 어떻게 정리할 가치는 있다는 생각이 들어서 어떻게 해서든 정리하는 포스팅을 만들어 봐야 하지만, 지금은 이정도로 결론만 이야기를 해야 합니다. 일단 기본적으로 나와있는 기능을 이용해서 어떻게 작업을 하기는 했습니다만, 문제는 여러개 있었습니다. 우선 너무 기본적인 점수인 0.3에 가까운 결과를 가지고서 한번 찾아들어가니, 어떻게 너무 매치가 되지 않는 결과가 나오는 것을 확인할 수 있었습니다. 물론 이건 제가 이 도구를 아직도 .. 2022. 12. 22.

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