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실험76

또 다시 다가온 실험디자인 작업 안녕하세요?연구원일을 하다보니, 정해져서 시킨일만 하는 것이 아니라 한가하면 무언가를 찾아서 해야하기에, 일단은 질량분석기의 raw한 데이터를 사람이 읽을 수 있는 형태로 가공하고 통계처리까지는 할수 있게 되었습니다. 다만 문제가 이걸로 끝이 아니라 미처 생각하지 못했던 문제가 있습니다.바로 질량분석기 데이터를 건드릴 수 있고, 이 질량분석기 의뢰를 받아 주겠다는 회사도 있는데, 정작 무슨 시료를 어떻게 분석할 것인지 까지는 생각을 그다지 하지는 않았습니다. 하기야 생각해보면 질량분석기에서 나온 기기분석 신호를 건드리는 것만 해도 간단하지 않은 일인데, 이거 여부를 알아봐서 건드리는 것이 가능하면, 이제 그 다음도 알아봐야 할듯 합니다. 2025. 12. 22.
오랫만의 프로그래밍 작업 안녕하세요?어떻게 쓸모 없을 줄 알았지만, 생명과학에 코딩능력을 어디에 쓰는가 했더니, 단백질체학이라고 proteomics 데이터를 건드리는 일을 하기 위해서는 어느정도의 경험이 있어야 하는 일이였읍니다.아무튼 이제 직접적으로 질량분석기의 데이터에서 어떤 단백질이 얼마나 있는지 시료간의 상대적인 강도를 볼수는 있는데, 통계처리를 아직은 못 하다가, 오늘 오전에 ANOVA처리까지는 가능한 것을 해봤습니다. 이제 그래픽적으로 이걸 나타내 주는 처리만 하면 되는데, 이 분분도 역시나 R을 코딩하는 툴을 쓰거나, GUI로 되어 있는 툴을 쓰거나 선택입니다. 2025. 12. 22.
아이디어를 드디어 출하합니다. 안녕하세요?지금 일하는 연구실에서 기존에 누구도 기반을 잡지않은 신기술을 가지고 오려는 아이디어가 있는데, 한번 알아보니까, 뜬구름 잡는 소리가 아니라 진짜로 손에 잡히는 범위안에 있는 실험방법 이었습니다. 그래서 이제 이 아이디어를 본격적으로 발표해야할 타이밍이 왔습니다.물론 이 아이디어의 채택여부는 제가 결정할 수 있는것이 아니지만, 일단 연구원으로서 지금 일하는 곳에서 몇개의 화학약품만 사고, 기술의 시료를 적용할 수 있는가를 묻는다면, 가능하다는 답을 내놓을 수 있습니다. 그리고 그 다음에 회사의 사장님이 결정하시는 것인데, 아무튼 거기까지는 모르겠고, 지금은 아이디어만 투척하는 단계입니다. 2025. 12. 18.
공짜 점심은 없다는 말은 생명과학 연구에도 통하나 봅니다. 안녕하세요?공짜 점심은 없다라는 말이 원래는 미국의 서부개척시대에 식당에서 광부들을 상대로 공짜로 점심한끼를 제공하면서 '술'을 사서 마시도록 유인한 것에시 기원했다고 합니다. 즉, 술을 팔기위해 소소한 한끼 공짜 식사로 유인한 것인데, 이처럼 그냥 꽁으로 되는 것은 없다라는 것이 생명과학에도 통합니다.지금 공개된 proteomics 데이터를 오픈소스 소프트웨어인 DIA-NN이라는 프로그램을 이용해서 테스트 운전 중인데, 문제는 시간을 이 데이터를 분석하는 데만 지금 1시간 이상 파일 하나에 잡아먹히고 있는 중 입니다. 물론 컴퓨터의 성능이 더 좋다면 시간이 단축이야 되겠지만, 문제는 그만큼 질량분석기의 성능도 좋아져서 원본 데이터만 몇기가를 자랑하는 상황입니다. 결국 돈 받고 데이터 분석까지 해주는.. 2025. 12. 17.

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