파이참13 이제 겨우 Blast의 결과를 가져오는데 성공했습니다. 안녕하세요? 지난번 포스팅에서 너무 느린것이 문제라는 것을 언급했었는데, 이번에는 방식을 바꾸어서 blast의 웹페이지에서 결과를 가지고 오는 방식으로 바꾸도록 했습니다. 굳이 비교하자면 수냉식 엔진이 편리할 것 같아서 사용하고자 했는데, 무게가 너무 무거운 문제가 있어서 공냉식 엔진으로 바꾸었다고 해야 할까요? 이런 차이가 있습니다만, 아무튼 제 기준에는 여전히 느리지만, 그래도 이전에 비해서는 매우 빨라진 방식으로 blast 결과를 가지고 올 수 있게 되었습니다. 가장 먼저 가지고 와야 하는 것으로는 먼저 requests라는 모듈을 가지고 오는 것이고, 그 다음으로 결과를 읽어서 사람 눈으로 보기 편하게 만들기 위해서 io에서 StringIO라는 모듈을 가지고 오기로 했습니다. 사실 이렇게 코드를 .. 2024. 5. 16. 문제가 분명히 있는 이 구문 안녕하세요? 요 최근까지 주어진 DNA시퀀스를 입력하면, 자동으로 파이썬을 통해서 Blast라는 데이터 베이스에서 데이터를 가지고 오는 프로그램을 만들고 있었습니다만, 여기서 사소한게 아니라 심각한 문제가 하나 나오는 것을 발견할 수 있었습니다. 바로 아래의 스크린샷에서 보이는 코드입니다.분명히 NCBIWWW.qblast를 통해서 blast에서 데이터를 가지고 오라고 요청을 한 것 까지는 좋았는데, 문제는 이 속도가 느려도 보통 느린 것이 아니라는 것 입니다. 이걸 파이썬, 특히 파이참에서 요청을 해서 결과를 보기까지 걸리는 시간이, 그 사이면 수동으로 같은 길이의 시료를 돌려서 5개 정도 결과를 얻을 시간이 되면 겨우 하나가 나오는, 즉 수작업을 해서 걸리는 시간의 5배나 걸린다는 겁니다. 왜 이러는 .. 2024. 5. 14. 1.5% risk의 조건으로 테스트에 들어가 보기 안녕하세요? 본격적으로 결과를 분석하기 앞서서, 테스트에 들어갔다는 사실 자체에 대한 보고를 올리기 위해서, 한번 포스팅을 올려 보고자 합니다. 일단 사소해 보일 수도 있지만, 그래도 하나하나의 실험과정을 기록해서 올리기 위한 과정이고, 실험노트를 겸한 이 블로그에 한번 올려보고자 합니다. 일단 이번 테스트의 조건을 저장하기 위한 폴더를 생성해서 6번째 조건이라고 이름을 붙여 주도록 합니다. 그리고 나서 파이참에서 프로그램을 실행시키도록 합니다. 일단 여기서는 위 스크린샷에서 볼 수 있는 것과 같이 우선 1.5%로 만들어서 한번 하나하나 만들어 보도록 했습니다. 아무튼 다른 조건은 몰라도 리스트는 1.5%로 만들어 주었습니다. 일단 첫번째 파트를 한번 테스트를 돌려 보았는데, 문제는 이렇게 해서 나온 결.. 2020. 8. 5. 10period를 이용한 테스트 결과 안녕하세요? 그 동안 포스팅이 한참 일어나다가 뜸했는데, 일단 책에서 필요한 정보를 얻으려 했는데, 그렇게 큰 이득이 있기는 했지만, 그렇다고 해서 포스팅할 꺼리까지는 되지 않았습니다. 아무튼 이러는 와중에 테스트는 10period에서 진행을 하였고, 그 테스트의 진행 상황에 대해서 먼저 포스팅을 올려 보도록 하겠습니다. 먼저 위 스크린샷에서 볼 수 있는 것처럼, 일단 결과를 저장하기 위한 폴더를 하나 만들어 보도록 합니다. 그리고 나서 파이참을 실행 시키도록 합니다. 그리고 나서 이어지는 GUI에서는 정확하게 10 period라는 것을 입력해 주도록 합니다. 이렇게 해서 입력한 것은 입력한 것이고, 나머지 내용에 대해서는 이전의 조건과 같도록 만들어 줍니다. 첫번재 테스트에서 시간이 그렇게 까지 지난번.. 2020. 7. 29. 이전 1 2 3 4 다음
