컴퓨터11 공짜 점심은 없다는 말은 생명과학 연구에도 통하나 봅니다. 안녕하세요?공짜 점심은 없다라는 말이 원래는 미국의 서부개척시대에 식당에서 광부들을 상대로 공짜로 점심한끼를 제공하면서 '술'을 사서 마시도록 유인한 것에시 기원했다고 합니다. 즉, 술을 팔기위해 소소한 한끼 공짜 식사로 유인한 것인데, 이처럼 그냥 꽁으로 되는 것은 없다라는 것이 생명과학에도 통합니다.지금 공개된 proteomics 데이터를 오픈소스 소프트웨어인 DIA-NN이라는 프로그램을 이용해서 테스트 운전 중인데, 문제는 시간을 이 데이터를 분석하는 데만 지금 1시간 이상 파일 하나에 잡아먹히고 있는 중 입니다. 물론 컴퓨터의 성능이 더 좋다면 시간이 단축이야 되겠지만, 문제는 그만큼 질량분석기의 성능도 좋아져서 원본 데이터만 몇기가를 자랑하는 상황입니다. 결국 돈 받고 데이터 분석까지 해주는.. 2025. 12. 17. 망설임과 혼란 중 입니다. 안녕하세요?일하다 말고 블로그를 올리는 중인데, 아무튼 실험실에 proteomics 기법을 적용할 수 있게 오픈소스인 소프트웨어는 성공적으로 설치를 했습니다. 다만 제대로 작동하는 지를 알기 위해서는 시험용 데이터가 필요한데, 이거 구한다고 애를 먹는, 정확히는 어떤 데이터를 골라야 할지 몰라서 헤메이는 중입니다.같은 소프트웨어를 써서 나온 데이터가 더 나은데, 문제는 받으려니 40개가 넘는 파일을 언제 다 받나 하는 중 입니다. 실제로 질량분석기의 raw파일이 용량이 기가바이트 단위라서 다운로드 받는데도 애를 먹고 있기는 있습니다. 다만 이런걸 고민하며러 가는게 오히려 편한 것인지는 모르겠습니다. 2025. 12. 16. 한가한 가운데 아이디어 내는 중 입니다. 안녕하세요?아직까지 실험에 사용할 세포가 준비되지 않아서 잠깐의 한가함이 있는데, 이럴때 실험에 사용할 수 없는지 한번 신기술을 적용해 보려고 합니다. 정확히는 축산과의 animal reproduction에서 최신 proteomics기술이 접목가능한지를 알아보았는데, 결론부터 말하자면 가능합니다.일단 시료를 준비한 다음에, 이 시료의 전처리는 제가 과거 10년도 전에 해본적이 있습니다. 문제는 질량분석기가 너무 비싸서 이건 10억짜리 기계를 사는 것이 아니라 외주를 맞긴다고 해야 할까요? 기계분석만 의뢰하고, raw데이터를 가공해야 합니다. 다행인것은 상업적으로 가능한 프로그램만이 아니라 open source 인 프로그램도 있는데, 이걸 가져와서 잘 작동하는지 알아보기 위한 테스트 운전용 데이터도 필요합.. 2025. 12. 15. 현재 심각한 상황입니다. 안녕하세요? 저는 현재 안녕하지 못한 상황에 처해 있습니다. 일단 메모리 부족 문제가 해결되기는 커녕, 파이썬을 작업하던 소니 vaio노트북이 갑자기 부팅이 되지 않는 문제가 발생하게 되었습니다. 그래서 하는 수 없이 데이터 - 이제까지 코딩했던 데이터라도 건지기 위해서 가지가지 작업을 하고 있는 중인데, 이게 잘 될지는 모르겠습니다. 왜 인지는 몰라도 최근에 안 좋은 일들이 이어서 발생한다는 생각이 드는데, 이래저래 참 할말이 없다는 생각이 듭니다. 한참 코드랑 싸움을 해도 모자라는 마당에 도구인 노트북까지 망가지는 이런 사태는 정말인지 할말이 없어지는 중입니다. 일단 다른 건 몰라도 코딩한 스크립트는 건져야 하는데, 이게 가능할지는 저도 잘은 모르겠습니다. 다행이 유니티와 블렌더 등은 다른 노트북에 .. 2019. 12. 10. 이전 1 2 3 다음
