유전자5 DeepGoWeb을 통한 한가지 기능 예측시도 안녕하세요? 이번 포스팅은 오랫만에 생명과학이야기라고 할 수 있는데, 일단 여기서는 다른것도 아니고 유전자의 기능을 한번 알아보기 위해서 DeepGoWeb이라는 툴을 이용해서 알아보는 과정을 한번 다루어 보고자 합니다. 일단 이 탐색은 실패로 끝나기는 했지만, 그래도 포스팅할 가치는 있다고 생각을 해서 이번 포스팅을 준비하게 되었습니다. 일단 이렇게 준비를 했기 때문에, 어떻게 해서건 작업을 들어가 보고자 합니다. 먼저 원하는 DNA sequence를 입력해서 위 스크린샷과 같이 예측되는 결과를 얻도록 합니다. 여기서 정말 중요하다고 생각하는 것은 저 발생과정에서 이 유전자가 관여하는 지를 알아보는 것 입니다. 먼저 발달과정을 클릭해서 나오는 윈도우 입니다. 이런 윈도우에서 당장은 얻을 것이 없어 보이기.. 2022. 12. 23. 계속해서 읽기 힘든 DeepGOWeb 의 결과 안녕하세요? 계속해서 포스팅을 올리고 있는 내용은 아니기는 하지만, 일단 DeepGoWeb이라고 해서 유전자나 단백질의 기능을 알려주는 사이트가 있습니다. 그런데 여기서 하나 문제가 되는 것이 있는데, 바로 이 결과를 가지고서 어떻게 해석해야 하는지를 두고서 계속해서 난감하다는 것 입니다. 물론 여기서 포기를 할 정도로 제가 검색을 많이 해 보았느냐 하면, 그건 또 아니라고 할 수 있는 것이, 일단 뭐라고 해야 할까요? 너무 다른 일이 바빠서 이걸 가지고서 검색을 많이 해볼만한 시간이 있는 것이 아니기는 합니다만, 그래도 이래저래 힘이 많이 들기는 드는 상황입니다. 일단 지난주는 좀 피해가기 힘든 일이 있어서 육체적으로 피로했다고 해도, 이번주도 그렇게 까지 편하다고 하기는 어려운 편이기는 합니다. 2022. 12. 21. 항체가 다양한 이유-유전자상에서 일어나는 이야기 part2 안녕하세요? 지난번 포스팅에서 '재조합 신호서열(recombination signal sequence, RSS)'라는 것이 있다는 언급까지 하고서 마쳤습니다. 이 RSS는 자르고 붙이는 효소가 인식하는 자리이기도 하면서, 동시에 유전자 상의 V부위, D부위와 J부위가 올바른 순서로 결합을 하도록 유도하는 기능이 있다고도 합니다. 아무튼 이번 포스팅에서는 이 RSS에 대해서 마저 설명을 하고, 추가적인 내용도 설명을 하고자 합니다. 먼저 V,D,J의 조각 재조합에 필요한 효소를 'V(D)J 재조합 효소(V(D)J recombinase)'라고 하며, B세포가 분화되어 나오는 림프구에서 2가지 '재조합 활성화 유전자(recombination activating gene:RAG-1, RAG-2)'가 있다고 합니.. 2017. 9. 1. 항체가 다양한 이유-유전자상에서 일어나는 이야기 part1 안녕하세요? 지난번 에서 항체를 만드는 유전자가 3군에 염색체에 나누어서 분포하고 있다는 이야기를 했는데, 염색체 안에 들어가 있는 유전자 마져도 마치 레고 블럭처럼 조립이 될 수 있다는 이야기를 했습니다. 이번 포스팅에서는 이야기를 이어서, 이게 무슨 말인지 부터 먼저 설명을 들어간 다음에, 추가적인 변이가 일어나서 항체가 더욱 다양하게 되는 이야기를 다루고자 합니다. 위 그림은 중쇄의 DNA상 배선구조를 묘사한 그림입니다. 먼저 L이라고 보라색으로 표시된 부분은 '리더 펩티드(leader peptide, L)' 이라고 불리우며, 그 기능에 대해서는 면역학 책에서 나와있지는 않았습니다. 그리고 V로 표시된 붉은색 부위는 'Variable(V) gene segment'라고 하는 '가변유전자 조작'이라고 .. 2017. 8. 29. 이전 1 2 다음
